Sirkeli Höyük‘teki ilk kazılar 1936 yılında J. Garstang tarafından, küçük çaplı bir araştırma niteliğinde gerçekleştirilmiştir (bkz. Arkeolojik Buluntular, Aslan biçimli sütun kaidesi).

1992 ve 1996 yılları arasında Münih Üniversitesi ve Bavyera Bilimler Akademisi tarafından B. Hrouda ve 1997 yılında Innsbruck Üniversitesi adına H. Ehringhaus başkanlığında kazı çalışmaları yürütülmüştür. Garstang, çalışmalarını beş küçük açmada yürütmüştür. Yeni dönem kazıları ise ana tepenin üst bölümlerinde ve aşağı şehrin kuzeydoğusunda kabartmaların bulunduğu kaya kütlesinin üst ve arka kesimlerinde, “Alan” adı verilen büyük açmalarda yoğunlaşmıştır (bkz. Anıtlar).

2006 yılında Eberhard Karls Tübingen ve Çanakkale Onsekiz Mart Üniversiteleri arasındaki işbirliği çerçevesinde kazılara, ön çalışma niteliğindeki kazı sezonu ile tekrar başlanmıştır. 2006 kazılarında, höyüğün kuzey terasında, tabanı yassı taşlarla döşeli, duvarları büyük taşlardan oluşan anıtsal bir yapıya rastlandı. Taban üzerinde bulunan çanak çömlek bu yapının Geç Tunç Çağı‘na ait olduğunu göstermektedir. Yapının özelliklerini saptayabilmek için, 2007 yılında bu alandaki açma genişletilecektir.