Archäologische Ausgrabungen auf dem Sirkeli Höyük fanden erstmalig 1936 in Form einer kurzen Untersuchung durch J. Garstang sowie zwischen 1992 und 1996 durch die Universität München und die Bayerische Akademie der Wissenschaften unter der Leitung von B. Hrouda und 1997 durch die Universität Innsbruck unter der Leitung von H. Ehringhaus statt. Während Garstang fünf kleinere Sondagen anlegte, wurde bei den neueren Grabungen eine größere Anzahl von unterschiedlich großen Grabungsstellen (»Arealen«) angelegt, die sich schwerpunktmäßig auf der Kuppe des Haupthügels sowie im Nordosten der Unterstadt unmittelbar oberhalb der Felswand mit den Reliefs am Abhang zum Fluss hin erstrecken.

2006 wurden die Ausgrabungen im Rahmen einer Kooperation der Eberhard Karls Universität Tübingen und der Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi mit einer kurzen Vorkampagne wieder aufgenommen.

Seit 2011 handelt es sich um ein schweizerisch-türkisches Projekt, das an den Universitäten Bern und Çanakkale beheimatet ist und in den Projektverbund »Puruna/Pyramos/Ceyhan. Ein fluvuiales Siedlungssystem im Ebenen Kilikien an der Schnittstelle zwischen Anatolien, Zypern und der Levante« eingebettet ist.